Manchesternek kettő repülőtere is van, ezek közül azonban a kisebb City Airport csak privát chartereket, sportrepülőket és helikoptereket fogad, és itt állomásoznak a rendőrségi és mentő helikopterek is, polgári és kereskedelmi légi szállítással azonban nem foglalkozik.
Nemzetközi repülőtere, a Manchester Airport (MAN) azonban magán a városon kívül Észak-Angliát és Észak-Walest is kiszolgálja. Ez a légikikötő az Egyesült Királyság harmadik legforgalmasabb, a London környéki repülőtereket nem számítva a legnagyobb, Európában pedig a 22. legforgalmasabb repülőtér. A Manchester Airport egész Európából, Észak-Amerikából, a Karib-szigetekről, Afrikából, a Közel-Keletről és Ázsiából is fogad gépeket, illetve indít oda járatokat (több desztinációval, mint bármelyik másik repülőtér Angliából). Jelentőségét és nagyságát jól tükrözi, hogy 2010 szeptembere óta egyike azon 17 repülőtérnek a világon (Angliában ezen kívül csak a Heathrow), mely Airbus A380-as típusú gépeket is fogad. Budapestről a manchesteri repülőtérre hetente nyolc közvetlen járatra foglalhatunk repjegyet, melyeket a Ryanair és a Jet2 üzemeltet, de csatlakozással a Brussels, a Swiss, a Lufthansa, a KLM gépreir is vehetünk repülőjegyet.
A Manchester városközpontjától 14 kilométerre délnyugatra található légikikötőt vonat, metró és buszjáratok kötik össze Manchester belvárosával. A vonatok (Northen Rail, vagy FirstTrans Pennine Express) a manchesteri Piccadilly állomásra futnak be. A repülőtér szintén elérhető a Metrolink nevezetű helyiérdekű vasúttal is, mely a Cornbrook állomásról indul 12 percenként, s 35 perc alatt ér ki a reptérig. Egy egyszeri utazás ára egy felnőttnek a repülőtér és Cornbrook állomás között 2.90 font. Buszszolgáltatás is igénybe vehető; a The Station nevű szolgáltató 43-as jelzésű busza 24 órán át közlekedik (nappal 10 percenként, éjszaka fél óránként) egészen Manchester belvárosáig, míg a Skyline 199-es jelzésű busza 30 percenként közlekedik a repülőtér és Buxton között.