A török fővárosnak két nemzetközi repülőtere van - egyik a nemzeti légitársaságokat, míg másik a fapados légitársaságokat fogadja nagyrészt.
Az isztambuli reptér azaz Istanbul Havaliman (IST) Arnavautköy városrészben, Isztambul központjától kb. 42km-re az európai oldalon a Fekete-tenger mellett található. Tervek szerint a világ legnagyobb repülőtere lesz. 2018-ban nyitották meg, de nagyobb forgalom csak 2019 májusától bonyolít, amikor is a régi repteret (Ataturk Airport) átköltöztetik, és végleg bezárják. A repülőtér várhatóan 2030-ig készül el teljesen, és akkorra 6 futópályával 150milliós utaskapacitással 4 terminálépülettel fog büszkélkedni.
Az IST reptérre Budapestről a WIZZAIR és a TÜRKISH AIRLINES járataival juthatunk el.
Bejutás a városba, illetve kijutás a reptérre 2023 januárjától már metrón is lehetséges, akár 24 perc alatt éjjel nappal. Belvárosba menet viszont át kell szállni (M7 és M2-es metróra). A Havaist 16-os busszal pedig a Taksim térre juthatunk el, napközben 30 éjszaka 40-50 perces időközönként indul mindkét irányba.
Kisebb, de szintén jelentős repülőtér a Sabiha Gökcen Nemzetközi Repülőtér (SAW), mely a város ázsiai oldalán, a belvárostól 35 kilométerre délkeletre található. A Törökország első női pilótájáról elnevezett repülőtér 2001-ben nyílt meg, enyhítve az Atatürk légikikötő komoly forgalmát, s napjainkban főként a fapados légitársaságok gépeit fogadja, de emellett jelentős csomópontja a Turkish, a Pegasus Airlines, valamint a Borajet gépeinek is. Budapestről a Sabiha Gökcen repülőtérre a Anadolujegy vagy a Pegasus járataira foglalhatunk repülőjegyet.
A repülőtérről kizárólag busszal juthatunk el Isztambul különböző részeire, a Havatas Airport Shuttle buszaival a Taksim térre, illetve Kadiköybe, míg a KM22 jelzésű busz a repülőtér és Kartal metróállomás (M4-es vonal), az E3 jelzésű busz a reptér és 4.Levent (szintén metró átszállási lehetőség), az E10 és E11-es jelzésű buszok a reptérről Kurtköybe és Kadiköybe közlekednek, ahonnan könnyen elérhető a Haydarpasa vasútállomás, valamint az IDO kompszolgáltatás Eminönü és Karaköy állomások felé.
Az európai oldalon, Isztambul városközpontjától 15 kilométerre nyugatra található Istanbul Atatürk Airport (ISL), vagyis Isztambul Atatürk Repülőtér. 2019 április 06-án bezárták az utasforgalom elől.