A finn főváros két repülőtérrel és egy helikopter fel- és leszállóhellyel rendelkezik, de közülük csak egy bonyolít nemzetközi utasforgalmat.
A Helsinki belvárosától 17 kilométerre északra, Vantaa város mellett fekvő Helsinki-Vantaa Nemzetközi Repülőtér (HEL) Finnország legjelentősebb és legforgalmasabb légikikötője, évi mintegy 16 milliós utasforgalmával. A reptér a finn légitársaság, a Finnair legfontosabb csomópontja, de bázisa a Blue1, a Norwegian Air Shuttle és a Flybe Nordic légitársaságoknak is. A reptér interkontinentális járatokat is fogad szerte a világból. Budapestről a Helsinki Repülőtérre a Finnair és a Norwegian közvetlen járataira vehetünk repülőjegyet (naponta 2-4 járat), valamint csatlakozással az Air Baltic, az airberlin, a Lufthansa, a SAS, a LOT és más légitársaságok gépeire is foglalhatunk repülőjegyet.
A repülőteret vasút- és buszkapcsolat köti össze Helsinki belvárosával. A Helsinki Regionális Közlekedési Hatóság által üzemeltetett 615 (éjszaka 620-as) jelzésű járatok a reptér és a Helsinki Központi Pályaudvar (Rautatientori) között közlekednek, a Finnair City Bus szintén a Helsinki Központi Pályaudvarra fut be, de emellett a reptérről számos környező településre is eljuthatunk vele. A reptér és a belváros között 30-55 percig tart az út. Két közeli vasútállomás a Tikkurila vasútállomás (ahová a 61-es jelzésű helyi busszal lehet eljutni), illetve az Espoo vasútállomás (540-es buszjárat), előbbiről Helsinki felé közlekednek az elővárosi vonatok (Helsinki Központi Pályaudvar), míg utóbbiról Turkuba lehet eljutni.
Helsinki saját repülőtere, a Helsinki-Malmi Airport (HEM) 1952-ig, a Helsinki-Vantaa Repülőtér megnyitásáig volt a finn főváros (és Finnország) első számú légikikötője. Manapság kizárólag privát gépeket fogad, illetve repülőiskola működik a területén, Budapestről nem közlekedik ide járat.
A Hernesaari helikopter leszállóhely a Helsinki - Tallin útvonalon működtetett rendszeres helikopter járatok bázisa.