Havannának egy nagyobb nemzetközi és egy kisebb, belföldi járatokat kiszolgáló repülőtere van.
Az Aeropuerto José Martí, azaz a José Martí Nemzetközi Repülőtér (HAV) korábban Rancho-Boyeros repülőtérként is ismert volt. Ez Kuba elsődleges, legfontosabb nemzetközi és belföldi légikikötője, mely Kubát a Karib-szigetek többi részével, Észak-, Közép-, és Dél-Amerikával, Európával valamint egy afrikai úti céllal köti össze. A repülőtér Havannától 15 kilométerre délnyugatra, Boyeros község területén található. Budapestről Havannába átszállással juthatunk el, ha a Swiss, a KLM, az Air France vagy más légitársaságok járataira veszünk repülőjegyet.
A reptérről Havannába akár helyi buszjárattal, akár taxival is el lehet jutni, azonban a buszt nem tanácsoljuk, mivel sem pontos menetrend nincsen, a buszok szinte mindig túlzsúfoltak, sok a zsebes és a viteldíjat helyi fizetőeszközben kérik el (külön fizetőeszköz áll rendelkezésre a helyi lakosok és a turisták számára). A legjobb megoldást a Havanna airport taxi (a drágább Taxi OK és az olcsóbb Panataxi) jelentheti, mellyel nem csupán Havannába, de a sziget más részeire is eljuthatunk. A reptérről Havanna belvárosáig 20-30 perc alatt lehet eljutni, minden autó biztonságos és modern, a taxidroszt a reptér 3-as termináljánál található. Feltétlenül állapodjunk meg a sofőrrel az utazás előtt a viteldíjban, 15 CUP-nál ne fizessünk többet a belvárosig.
Szintén Havanna mellett található a kisebb, belföldi járatokat kiszolgáló Playa Baracoa repülőtér (UPB), mely a várostól nyugatra, Playa Baracoa falu mellett található. Erről a reptérről Varaderoba, Cayo Largoba és Baracoára lehet eljutni. Mivel nem nemzetközi reptér, így Budapestről nem közlekedik ide egyetlen légitársaság sem.