Madeira nemzetközi repülőtere, a Aeroporto da Madeira, vagy Funchal Airport/Madeira/Santa Catarina Airport (FNC), mely Funchal központjától 13 kilométerre északkeletre, Santa Cruzban található. A reptér kiterjedt légi kapcsolatokkal rendelkezik Európa nagyvárosaival, belföldi és külföldi járatokat egyaránt fogad. 2014-es utasforgalma majdnem elérte a 2. 5 milliót. Budapestről a Funchal repülőtérre kizárólag csatlakozással lehet eljutni. A legkényelmesebb repülést a TAP Portugal kínálja, de az Austrian Airlines, a Lufthansa és más légitársaságok járataira is foglalhatunk átszállással repülőjegyet.
A repülőtérről Funchal belvárosába a SAM - Sociedade de Automóveis da Madeira, Lda buszával (viteldíj 3.35 euró), vagy az Aerobus buszával (viteldíj egyszeri útra felnőttnek 5 euró, gyereknek 2.5 euró, retúrjegy 8 euró) lehet közlekedni, a reptér és a városközpont közti menetidő 45 perc. Illetve kényelmesebb, de költségesebb opció lehet a taxi, amely Madeira bármely részére elviszi az utast.