A bajor főváros, München több reptérrel is rendelkezik, melyek közül a Flughafen München (MUC) a legnagyobb, évi csaknem 40 milliós utasforgalommal. Ezzel Németországban a második, Európában pedig a hetedik legforgalmasabb repülőtér (a londoni Heathrow, a párizsi Charles de Gaulle, a frankfurti repülőtér, az isztambuli Atatürk, az amszterdami Schiphol, a madridi Barajas után), s nagyságát jól jelzi, hogy olyan széles törzsű nagy gépeket is tud fogadni, mint az Airbus A380. A müncheni repülőtér 66 ország 228 úti céljára kínál eljutási lehetőséget, s másodlagos csomópontja a Lufthansa légitársaságnak. A repülőtér, mely 1992-ben váltotta fel a kisebb München-Riem repülőteret, 28.5 kilométerre északkeletre fekszik Münchentől, Freising városka mellett. Budapestről naponta 3-5 közvetlen jártra vehetünk repülőjegyet, melyet a Lufthansa üzemeltet, csatlakozással az airberlin, az Austrian és a Swiss járataival is elérhető a reptér.
A légikikötőt busz és vasútkapcsolat köti össze München belvárosával. A Lufthansa Airport Bus a müncheni Nordfriedhof U-Bahn állomásig, valamint a Központi Pályaudvarig szállítja az utasokat (illetve onnan a reptérig). Emellett választható a München S-Bahn gyorsvasút S1 és S8 vonala is, mindkettő érinti a város legforgalmasabb csomópontjait (Hauptbahnhof, Marienplatz, Ostbahnhof), a Marienplatzig 45 percig tart az út. A vonatok 20 percenként járnak, de éjszaka 01:30-04:00 között az S-Bahn nem közlekedik. A viteldíjak egyszeri útra zónánként változnak: 2.70 és 10.80 euró között, míg gyermekeknek (6-14 év között) egységesen, zónától függetlenül 1.30 euró.
Müncheni repülőtérnek számít a várostól 110 kilométerre található Memmingen Airport (FMM) is, melyet gyakran neveznek Nyugat-München Repülőtérnek is. Ez Bajorország harmadik legforgalmasabb kereskedelmi légikikötője a müncheni és a nürnbergi repülőtér után. Szintén müncheni repülőtér az Oberpfaffenhofen légi állomás, mely korlátozott számban szintén bonyolít kereskedelmi célú légiforgalmat, de e két repülőtérre nem közlekedik Budapestről járat.