Köln és a közeli Bonn közös nemzetközi repülőtérrel rendelkezik. A Flughafen Köln/Bonn (CGN) Németország negyedik legnagyobb légikikötője, mely idén 35 ország 115 úti céljára indít és fogad onnan járatokat. A repülőteret Konrad Adenauerről, a város híres szülöttéről, Németország II. világháború utáni első kancellárjáról nevezték el. Elhelyezkedését tekintve Köln belvárosától 15 kilométerre délkeletre, Bonntól pedig 16 kilométerre északkeletre található. Ez a reptér egyike Németország kevés non stop üzemelő légikikötőjének, mely emellett a Germanwings, a FedEx Express és az UPS Airlines jelentős csomópontja is. Budapestről a kölni repülőtérre naponta indít járatokat a Germanwings, de csatlakozással a Lufthansa, az airberlin, a KLM és a Swiss járataira is vehetünk repülőjegyet.
A kölni repülőteret mind Köln belvárosával, mind Bonnal kiváló tömegközlekedési lehetőségek kötik össze. A repülőtérnek saját vasútállomása van, melyet a Flughafenschleife Köln 15 kilométer hosszú vasútvonala összekapcsolja a Köln-Frankfurt vasútvonallal; mindkét irányba óránként járnak a vonatok (Elsősorban ICE). Ugyanitt megáll az S-Bahn S13-as járata (csak Köln felé közlekedik), valamint az RE8 regionális vasút is, mellyel szintén elérhető mindkét város. Emellett mindkét város saját közlekedési vállalata üzemeltet buszokat a repülőtér és a városközpont között.