A krétai Heraklion reptere, a Heraklion Nemzetközi Repülőtér "Nikos Kazantzakis" (HER) az athéni reptér után Görögország második legforgalmasabb légikikötője, ami nem meglepő, hiszen a sziget jelentős idegenforgalmi úti cél. A repülőtér Heraklion mellett Kréta más üdülővárosait, így Aghios Nikolaost, Maliát, Hersonissost, Stalidát, és Eloundát is kiszolgálja. A reptér Heraklion központjától 5 kilométerre keletre található, és a polgári légiforgalom mellett katonai feladatokat is ellát. A légikikötő fontos csomópontja a Bluebird Airlines-nak, a Minoan Air-nek, és a Sky Express-nek, Budapestről heti három járatra foglalhatunk repülőjegyet Heraklionba, melyeket a Smart Wings, illetve a Wizz Air működtet, de átszállással az Aegean és az Austrian gépeire is vehetünk repülőjegyet.
A repülőtér és Heraklion központja között a 78-as jelzésű buszjárat közlekedik, mely mintegy 20 perc alatt teszi meg az utat a belvárosig, illetve a repülőtérig. Emellett autóbérlési lehetőség és taxiszolgáltatás is elérhető.
FONTOS megjegyezni, hogy ezen a repülőtéren TILOS fényképet vagy videót készíteni a kifutópályáról, mivel itt állomásozik, ezt a repülőteret használja a görög katonai légierő is!