A német főváros számos repülőtérrel van/volt ellátva, mely nem csak központi szerepének, világváros mivoltának, de XX. századi történelmének is köszönhető. Az összesen hét reptér közül azonban jelenleg három üzemel nemzetközi légikikötőként.
Berlin jelenlegi első számú reptere a Flughafen Berlin-Tegel (TXL) Németország negyedik legforgalmasabb légikikötője, mely közel 20 millió utast szolgál ki évente. A repülőtér az Air Berlin valamint a Germanwings jelentős csomópontja, s számos európai nagyvárosba, jelentősebb üdülőhelyekre, valamint tengeren túli úti célokra küld, illetve onnan fogad járatokat. Budapestről a Berlin-Tegel repülőtérre az Air Berlin közvetlen járataival juthatunk el, de átszállással további légitársaságok - Austrian, Lufthansa, SAS stb. - gépeire is vehetünk repülőjegyet.
A Berlin-Tegel repülőtér kizárólag közúton közelíthető meg Berlin belvárosából, taxi, autóbérlés, vagy busz szolgáltatás igénybevételével. A BVG közlekedési vállalat számos buszjárata érinti a repülőteret: a JetExpress TXL az Alexanderplatzról (40 perc), az X9 expressz járat az Állatkert U-Bahn/S-Bahn Regionális Expressz (Bahnhof Zoo) állomásról (20 perc), a 109-es járat szintén a Bahnhof Zoo állomásról (30 perc), valamint a 128-as járat az Osloer Strasse U-Bahn megállótól (25 perc), s mindegyik járat érint számos U-Bahn és S-Bahn csatlakozási lehetőséget további irányba.
Az 1934-ben alapított Flughafen Berlin Schönefeld (SXF) Kelet-Berlin egyetlen repülőtere volt a hidegháború idején. A repülőtér fontos bázisrepülőtere az EasyJet és 2015 októberétől a Ryanair légitársaságoknak, s a legnagyobb európai városokba, üdülővárosokba, valamint az arab világ néhány jelentős városába indít járatokat, illetve fogad. Budapestről a schönefeldi repülőtérre az EasyJet közvetlen járataira foglalhatunk repülőjegyet.
A Berlin belvárosától 18 kilométerre délkeletre található repülőtér vonattal, busszal vagy közúton megközelíthető. A leggyorsabban az Airport Express vonataival érhetünk be a központba, melyek minden fél órában indulnak a Berlin Schönefeld Flughafen vasútállomásról, s érintik a legfontosabb berlini állomásokat: Berlin Ostbahnhof, Alexanderplatz, Friedrichstrasse, Központi pályaudvar, és a Bahnhof Zoo megállókat. A vonat 30-40 perc alatt ér Berlinbe. A buszjáratok közül a BVG által üzemeltetett 162, 171 és X7-es járatokkal érhető el a városközpont, míg éjszaka az N7-es jelzésű járattal.
A Schönefeldi repülőtér közvetlen szomszédságában található Berlin Brandenburg Repülőtér (BER) a legújabb a német főváros légikikötői közül, jelenleg építés alatt áll, s a tervek szerint a jövőben a szomszédos repülőtérrel összeolvadva Berlin egyetlen nemzetközi repülőtere lesz, felváltva a Schönefeldi és a Tegel repülőtereket.
A többi reptér (RAF Gatow, Johannisthal, és a Staaken repülőterek) katonai célokat szolgáltak, ez utóbbiról indultak például a zeppelinek, de ma már egyik sem üzemel.